Se o seu pen drive já está cheio ou com vírus, uma das soluções é formatá-lo. Ou seja, apagar todo o conteúdo. E não é difícil: veja abaixo como fazer isso no Windows ou Mac.
Se você quer formatar o seu computador a partir de um pen drive, siga este tutorial para o Windows e este tutorial para o macOS.
Como formatar um pen drive no Windows
Abra o Explorador de Arquivos e clique em Meu Computador na barra lateral;
Selecione o seu pen drive, clique com o botão direito e clique em Formatar…;
Deixe as opções como vieram de fábrica. Atente-se apenas ao Sistema de arquivos, que normalmente é FAT32 mas você pode escolher NTFS (como na imagem) apenas se o seu pen drive precisar de arquivos maiores que 4 GB e não for ser usado em um Mac;
Clique em Iniciar.
Pronto!
Como formatar um pen drive no macOS
Entre em Aplicativos > Utilitários > Utilitário de Disco;
Selecione o pen drive na barra lateral esquerda e clique em Apagar;
Em Mapa, coloque MS-DOS (FAT);
Em Formato, coloque Master Boot Record;
Confirme a formatação clicando em Apagar novamente;
Se não der certo, formate primeiro como Mac OS Expandido (Journaling) na opção Mapa e, depois que terminar, refaça os passos como MS-DOS (FAT).